上海市儿童医院中医科创建于上世纪五十年代，秉承海派中医儿科学术思想，传承科室创始人徐蔚霖教授“调治儿病、首辨阴阳；五脏为纲、肺脾为要；衷中参西、务求实效”的学术精髓。徐蔚霖教授是上海市名老中医，他主持的“水牛角代替犀牛角临床治疗紫癜”科研项目曾获得卫生部全国科学集体奖。2021年，以徐蔚霖教授诊治经验为基础的“蔚童医术”被列入上海市静安区第三批非物质文化遗产名录；2024年，科室成功入选国家妇幼中医药特色建设单位，标志着科室建设迈向更高水平。

　　中医科目前拥有上海交通大学医学院博士后和博士研究生导师3人，上海中医药大学硕士研究生导师2人，高级职称6名，副高级职称3名，中级职称5名，博士7名、硕士9名。科室积极开展中医医疗、教学、科研等工作，近年来主持国家自然科学基金项目4项，省部级项目以及上海市科委、上海市卫健委、上海交通大学等各级科研项目多项，发表了一系列高水平的学术论文。

　　目前中医科的主要专业发展方向为儿童呼吸、肾脏、消化系统疾病。擅长中西医结合治疗儿童慢性咳嗽、哮喘、肺炎、反复呼吸道感染、过敏性鼻炎等呼吸系统疾病；肾病综合征、IgA肾病、紫癜性肾炎（IgA血管炎肾炎）、肾小管损伤、幼年特发性关节炎、过敏性紫癜（IgA血管炎）和遗尿等肾脏及风湿免疫系统疾病；厌食、便秘、慢性胃炎、腹泻、腹痛等消化系统疾病；多动症、抽动症等精神神经系统疾病，以及湿疹、特发性血小板减少性紫癜等杂病；并开设有中医慢性咳嗽、哮喘、鼻窦炎、反复呼吸道感染、遗尿、紫癜、脾胃病、抽动症、推拿针灸等专科专病门诊。

　　医院及科室高度重视中西医结合工作，2024年与肾脏风湿免疫科联合开设了中西医结合诊治儿童肾脏病多学科（MDT）门诊；与呼吸科联合开设了中西医结合诊治儿童变态反应疾病多学科（MDT）门诊；与儿童保健中心联合开设了中西医结合儿童保健多学科（MDT）门诊。并创建了与西医科室共同管理的中西医结合病房。

　　此外，科室还积极开展外治法和中医特色疗法，包括防治小儿呼吸道疾病的“冬病夏治”、“三九贴”疗法，推拿、针灸疗法，药物穴位敷贴疗法，氦氖激光穴位照射疗法，“春季助长贴”疗法，“棒棒糖”膏方疗法和“炒米茶”茶饮疗法等。