上海市儿童医院急诊科成立于2005年，主要负责小儿急救、急诊、留观室、门急诊输液工作。目前有两个区域：一楼急诊区配有抢救室（床位6张）、急诊诊室、急诊候诊区、挂号收费处、药房和检验科；并建有急诊外科清创室、骨科治疗室；急诊抢救室配备先进的抢救监护床、远红外抢救台、心电图机、除颤仪和呼吸机等；二楼观察输液区配有急诊留观室（床位18张）、输液区（床位100张）、一站式静脉输液药房。
急诊科实行五级分诊，医生分层诊疗，推广实施部分“诊前化验”；科室具备团队复苏急救和公共卫生突发事件处置能力，并建立科内抢救室-急诊留观-ICU连贯性一体化工作机制，从而最大限度提高患儿抢救成功率；全科医生皆取得美国AHA认证BLAS/PALS证书；年急诊量超30万人次，抢救成功率大于98%。近年来科室先后获得了上海市“青年文明号”，上海市“先进模范集体”、“巾帼文明岗”等荣誉。
专科特色为儿童危重病人抢救，包括小儿重症哮喘、呼吸衰竭、惊厥、小儿休克等危重症抢救。并具有特色的急诊信息系统，包括：智慧急救系统、电子预检分诊、电子诊前化验等。
