上海市儿童医院眼科是以小儿斜弱视治疗以及视光为特色，覆盖小儿眼科常见病多发病诊治的专科。目前分为四个亚专科：斜弱视眼整形组，视光组，眼底病组，眼表组。
现已开展各型复杂斜视手术（包括眼球震颤、颅缝早闭，天使综合征等罕见病合并的眼病）、上睑下垂、眼睑综合征、后巩膜加固、眼眶肿瘤、睑内翻倒睫、眼睑肿物、泪道阻塞、先天性白内障、ROP筛查等。年门诊量超过16万人次，年手术量超过4000台次。
近八年承担国家自然基金项目2项，上海科委项目1项，院级课题5项。累计发表SCI论文及国内期刊论文60余篇，5项专利。
2016年10月，美国眼科协会授予上海交通大学附属儿童医院眼科为全球小儿眼科fellowship培训基地。
2021年4月，上海交通大学医学院附属儿童医院——中国民族卫生协会眼科学分会全国首家“儿童眼病诊治示范中心”挂牌成立。
2022年3月，被上海市卫健委授予市级儿童视觉健康规范诊治中心。2022年8月，被授予眼病防治专科联盟会员单位。
2022年11月，牵头成立上海市眼科专科联盟儿童眼科亚专业委员会。
