上海市儿童医院麻醉科成立于1982年，是国家和上海市儿科麻醉专科培训基地。科室成立之初就成功完成了国内第一例连体儿分离手术麻醉，2014年麻醉科开展小儿肝脏移植手术麻醉、2015年开展小儿体外膜肺氧合（ECMO）手术的麻醉。2016年麻醉科负责日间病房管理工作，2019年负责外科重症监护室管理工作。
医院目前拥有16间先进的手术室，其中包括数字化减影血管造影（DSA）手术室、内镜治疗手术室和日间手术室。麻醉科除具备麻醉所必需的麻醉机和多功能监护仪外，还具备麻醉深度监测仪、呼吸动力学监测仪、脑氧饱和度监测仪、神经电生理监测仪及超声诊断仪（包括经食道超声）和纤维支气管镜等各类先进设备，这些仪器设备为更好地开展临床麻醉和科研工作提供了帮助。
麻醉科每年完成各类择期、急诊及门诊等儿科手术麻醉2万余例，参与院内疑难病例讨论和危重病例抢救工作。作为上海交通大学医学院附属医院，科室承担本科生和研究生规范化培养教学工作以及进修医生培养工作，并与国内外多家先进儿童医院麻醉科长期保持学术交流，每年开展大量临床和基础研究工作，不断提高科室的学术水平。
